有南院北院的，南院（总部）在制造局路639号， 北院在宝山漠河路280号（原市三医院）。
上海交通大学医学院附属第九人民医院位于上海市中心城区黄浦区，东临地铁M8线，南靠中山环路高架，与浦东隔江相望，前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院。2005年更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。至今已走过八十多年辉煌的历史。
上海交通大学医学院附属第九人民医院创建于1920年，前身是"伯特利医院"。
1952年更名为上海第九人民医院。
1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院(以下简称"九院")。
2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院(以下简称"九院")。
2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院(前身宝钢医院，属三级综合性医院)资源整合，南北院区，统一布局，统一管理，上海第三人民医院第一冠名为"上海交通大学医学院附属第九人民医院(北院)"，第二冠名为"上海交通大学医学院附属第三人民医院"。
